玛莎结婚后，杰斐逊从纽约给她写了一封信说现在心里可以感到十分安慰了。但是玛莎说结婚后自己并不快活。婚后五个月的时候，玛莎的公公打算娶个不到20岁的少女做后娘。因为与杰斐逊自身的情况极其相似，所以杰斐逊为老人辩护说，他结婚是应该的，老人的快乐全赖有人做伴，他总不能孤单地自己过活。杰斐逊还劝慰自己的女儿说：“每个人，都要看他好的那一面，因为没有一个人是完美无缺的。”后来，女儿玛莎听从了父亲的话，从来在家里都是理智而镇静，从不对仆人大呼小叫，也从不小题大做。
1790年，4月27日，伦敦的朋友捎来一封信，说玛丽亚怀孕了。收信后的第四天，杰斐逊的头疼病又犯了，这次几乎又持续了六个礼拜。即使是这样，杰斐逊还是强迫自己完成了一篇著名的研究——《重量与量度报告》。
1790年6月，玛丽亚产下一名女婴，却于三个月后抛下了这孩子，与一位意大利歌唱家前来美国。以后有三年半她没有给杰斐逊写信。不过，1794年丈夫生病的时候，玛丽亚回去照顾他和女儿。后来，当玛丽亚的女儿在6岁夭折的时候，玛丽亚出现了精神分裂的征兆。她把孩子的尸体放上防腐的香料，放在客厅的大理石石棺里，见到人就说她有起死回生的能力。后来玛丽亚还是把孩子安葬了，然后只身回到巴黎，想以绘画为业东山再起，但是结果天不遂人愿。后来她又到意大利的洛迪，从当地有钱有势的意大利人手中获得了足够的捐款，开办了一所女子修道院学校。