《黑侠III》剧情主要是在黑侠Ⅰ里，黑侠在女友及Sir的帮助下最终战胜了701部队，从而成为香港市民心中的英雄，同时也成为广大观众的偶像
此次黑侠（樊少皇）又有了新任务，国际犯罪组织“赤神帮”的首领赤神（郑佩佩），因其拥有特异功能，在世界各地下犯下多宗罪案，而被FBI通缉，FBI历经辛苦，在黑侠的协助下，终将赤神拘捕
罪犯天皇血鹰是赤神的同伙，血鹰带领赤神帮众杀入警署，救出赤神，同时劫持了女科学家琪及她的科研成果――疯牛病病毒和疫苗，一同逃往菲律宾 赤神准备将疯牛病病毒向全世界散播，消息一传出，立即引起全世界的震惊，FBI再次与黑侠联手打击赤神帮 赤神用尽各种手段、金钱、地 、以及血鹰的美色去勾引黑侠，想把黑侠这个最大的敌人拉入伙，结果……
